近年来，马关县认真贯彻落实中共中央办公厅、国务院办公厅关于甘肃祁连山国家级自然保护区生态环境问题的通报精神，切实采取措施，进一步加强对自然保护区的管理。
一是健全组织机构，强化组织领导。扎实推进自然保护区管理体制改革工作，根据《文山州机构编制委员会关于文山州设置国家级、省级自然保护区管护机构的通知》要求，分别设立马关县老君山省级自然保护区管护分局、马关县古林箐省级自然保护区管护局，加强对两个省级自然保护区的日常监管。
二是严格落实责任，完善管理机制。严格按《中华人民共和国自然保护区条例》进行管理，抓好林政案件查处、征占用林地、野生动植物保护等资源林政管理工作。实施生态修复，加强马关县湿地保护力度，积极做好退耕还林工作，禁止在保护区开展林下经济作物的人为经营活动。
三是加强保护规划，科学开展修编。制定马关县林地保护利用规划，开展自然保护区修编，原则上做到自然保护区面积持平或者新增，杜绝自然保护区面积减少情况。
四是紧抓重点，重视生物多样性保护。制定印发《马关县生物多样性保护重点工作任务分解方案》，明确了各成员单位分解任务和重点工作。以省级自然保护区生物多样性保护为重点，依法保护野生动植物物种和自然生态系统，加强野生动植物疫源疫病监测防控；切实做好濒危野生动植物和极小种群保护工作，在古林箐省级自然保护区实施华盖木、西畴青冈和显脉木兰回归自然实验示范基地建设。
五是强化工作认识，扎实推进宣传。组织开展自然保护区宣传活动，在保护区重要路口和社区村寨设置安装核心保护区管护警示牌10块，在进入核心保护区的主要道路架设铁丝网并设置禁止进入核心保护区警示牌17处，发放宣传单份。
据统计，马关古林箐省级自然保护区面积年至年总面积均为平方公顷；马关老君山省级自然保护区面积年至年总面积均为平方公顷，总体均未减少。
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